首先来说呢电子显微镜能看到2nm单位以下的细胞结构。而电子显微镜只能看到2nm单位以上的细胞结构。
电子显微镜是以电子束为照明源，通过电子流对样品的透射或反射及电磁透镜的多级放大后在荧光屏上成像的大型仪器。
则是利用可见光照�，将微小物体形成放大影像的光学仪器。
概括起来，电镜与光镜主要有以下几个方面的区别：
（1） 照明源不同:电镜所用的照明源是电子枪发出的电子流，而光镜的照明源是可见光(日光或灯光)，由于电子流的波长远短于光波波长，故电镜的放大及分辨 率显著地高于光镜。
（2）透镜不同:电镜中起放大作用的物镜是电磁透镜(能在中央部位产生磁场的环形电磁线圈)，而光镜的物镜则是玻璃磨制而成的光学透镜。电镜中的电磁透镜共有三组，分别与光镜中聚光镜、物镜和目镜的功能相当。
（3）成像原理不同:在电镜中，作用于被检样品的电子束经电磁透镜放大后打到荧光屏上成像或作用于感光胶片成像。其电子浓淡的差别产生的机理是，电子束作用于被检样品时，
（4）分辨率：光学显微镜因为光的干涉与衍射作用，分辨率只能局限于02-05um之间。电子显微镜因为采用电子束作为光源，其分辨率可达到1-3nm之间，因此光学显微镜的组织观察属于微米级分析，电子显微镜的组织观测属于纳米级分析。
（5）景深：一般光学显微镜的景深在2-3um之间，
放大倍数：光学显微镜有效放大倍数1000X。电子显微镜有效放大倍数。
（6）所用标本制备方式不同：电镜观察所用组织细胞标本的制备程序较复杂，技术难度和费用都较高，在取材、固定、脱水和包埋等环节上需要特殊的试剂和操作，
（7）应用领域：光学显微镜主要用于光滑表面的微米级组织观察对于彩色图像的识别扫描电镜显得无能为力。扫描电镜不仅可以观察样品表面的组织形貌，通过使用EDS、WDS、EBSD等不同的附件设备，扫描电镜还可进一步扩展使用功能。通过使用EDS、WDS辅助设备，扫描电镜可以对微区化学成分进行分析，这一点在失效分析研究领域段可以对材料的晶格取向进行研究。
