使用显微镜时应注意的问题：
1.使用显微镜时，被检物体做的较标准很重要。如：切片厚度是否太厚，盖玻片是否符合国标等。
2.载物台在观察切片时，常做X,Y的移动。如：双层的机械移动平台，精度和稳定性较好，能在观察显微图像时提供好的成像质量。
3.显微镜物镜按档次可分为约6-8个档，较为常用的为平场消色差物镜。如镜头档次太低，则成像质量会下降。因此，建议选择平场以上档次物镜。
4.聚光镜孔径光栏，尽量和物镜的数值孔径相符。才能得到高图像分辨率。
5.视场光栏应根据观察不同的被检物体和物镜倍率开启到合适的位置，如开得过大或过小显微图像的视场亮度会受到影响。
6.调焦系统作为机械部分的重要部件，调焦精度也非常重要。对于生物学初学者或刚接触显微镜的操作者，熟练的使用调焦系统，能快速找到图像并聚焦，提高工作效率。
9.采用柯拉照明系统，能调节光学的中心像。科研级的显微镜均采用此系统，为镜检和专业数码显微成像系统，提供显微照片。